سید علی کاشفی خوانساری در سال 1350 در تهران به دنیا آمد. پدرش مترجم زبان آلمانی و از اعضاء مؤثر انجمن اسلامی دانشجویان مقیم اروپا و مادرش وکیل پایه یک دادگستری و پدربزرگش حضرت آیت ا... آقا سید ضیاء الدین خوانساری، از مؤسسان و مدرسان حوزه علمیه قم بود.